Несмотря на сокрушительные кадровые перестановки в силовом блоке Юрию Чайке удается сохранять контроль над Следственным департаментом (СД) МВД РФ, который традиционно являлся инструментом Прокуратуры, в противовес СК России. Так, в Следственной части полным ходом продолжается расследование инициированного им уголовного дела по НК «Бердяуш» в отношении бывшего партнера Артема Чайки, из-за явных перегибов по которому, в свое время даже пришлось извиняться замгенпрокурору Виктору Гриню. Кроме того, СД упорно продолжает делать вид, что не происходит ничего нового по делам «предпринимателя» Константина Пономарева.

Для заинтересованных лиц не секрет, что за успехами Пономарева маячит фигура бывшего Генерального прокурора, установить связь с которым удалось через соседку Пономарева по Химкам, всесильную Наталью Весельницкую. После этого его дела резко пошли на лад, по указанию прокуратуры были прекращены уголовные дела во Всеволожске и Москве, причем за последнее взялся лично заместитель генерального Малиновский, указав не только прекратить уголовное дело, но и проверить действия потерпевших. После вмешательства такого уровня, у представителей МВД и ФСБ надолго пропал интерес к фигуре Пономарева. Однако он, вместо того, чтоб наслаждаться честно украденным миллиардом долларов, снова взялся за старое и кинул на этот раз уже государство. В 2015 году ГСУ СКР по г. Москве было возбуждено 2 уголовных дела о неуплате налогов на общую сумму 8 млрд. рублей, арестованы денежные средства Пономарева. Но прокурорская крыша мгновенно пришла в движение, и постановления о возбуждении дел были отменены Прокуратурой Москвы. Следователи СКР проявили принципиальность и обжаловали данные решения у вышестоящих прокуроров. Дело закончилось тем, что супер-осторожный Юрий Чайка был вынужден лично поставить свою подпись, под решениями, вынимающими из российской казны 8 млрд рублей. Формальным поводом опровергнуть коллегиальное решение ИФНС, МВД и СК РФ стало решение мирового судьи Раменского района Московской области.
Не выдержав такого наглого нарушения ведомственной субординации, за дело взялась ФСБ РФ, и уже вскоре выяснилось, что указанное решение мирового суда получено на основании ложных показаний свидетелей, подкупленных Пономаревым, которые дали об этом показания. Крыть такой козырь прокуратуре оказалось нечем, да и положение Юрия Чайки в 2019 году стало слишком шатким, чтоб также ярко выступить против ФСБ в защиту афериста, и в июле 2019 Пономарев был осужден по 4 эпизодам статьи 306 УК РФ. А уже в январе 2020-го Чайка покинул пост Генерального прокурора, и вскоре СК России, получив возможность работать без препонов, направил в суд, Пономарев получил 10 лет лишения свободы.
При этом совсем другая позиция сложилась у МВД РФ, сотрудники которого положили под сукно целый ряд уголовных дел и материалов в отношении Пономарева, и делают вид, что с 2013-2014 годов, когда по указанию Генеральной прокуратуры эти дела были прекращены, ничего не изменилось. Хочется надеется, ч о рано или поздно требования закона и интересы государства перевесят личный интерес силового «deep state» из гнезда Чайки.