По информации источника, сейчас проводится проверка Администрацией Президента и компетентными органами (Управлением "Т" ФСБ РФ ) деятельности ФГУП «УВО Минтранса России», которое занимается обеспечением системами безопасности Керченского моста и ряда связанных с ним объектов. Установлено, что большинство стратегически важных контрактов не исполнены или исполнены только на бумаге. А именно проблемы возникли со следующими проектами: создание система охраны Керченского  моста;  ж/д станция Керчь Южная; системы индукционно досмотровых комплексов на подходах к Керченскому мосту; здание Керченского линейного отдела полиции. Все эти объекты либо не достроены, либо не работают и т.д. Наибольшие вопросы возникли к  заместителю генерального директора ФГУП Алексею Борисову. 

Стоит отметить, что отсутствие 100% строительной готовности вокзала заметил президент Владимир Путин во время открытия ж/д составляющей в декабре 2019 года, за что сильно прилетело тогдашнему министру транспорта Евгению Дитриху, прямо в кабине дизель-поезда, в котором они ехали. Данная ситуация сильно сказалась потом на взаимоотношениях между Евгением Дитрихом и его заместителем, прикомандированным сотрудником Управления Т ФСБ РФ  Николаем Захряпиным, так как последний курировал данный вопрос и был в особых отношениях с  Борисовым. Позже Захряпин был отправлен в отставку. На сегодняшний день объект так до конца и не сдан, что также вызывает кучу критики со стороны администрации города Керчи, так как они считают этот объект визитной карточкой города.
          На совещании под председательством заместителя руководителя Главного контрольного Управления делами Президента Российской Федерации, которое проходило в ноябре 2020 года в г. Керчи, в отношении несданных объектов, начальник департамента Минтранса просил очередного переноса сроков, на что получил в свой адрес критику и отрицательный ответ. Следом началась проверка.