В июне 2021 года Следственный отдел по Центрального административного округа ГСУ СКР возбудил уголовное дело № 12102450026000040 по ч. 4 ст. 159 УК РФ (хищение) в отношении ООО «СЗСК СПБ» о смене деревянных шпал в ГУП Московского метрополитена на заведомо не отвечающие требованиям качества и безопасности,  исключающим их последующую эксплуатацию. На следующий день владелец «СЗСК СПБ» Сечин Сергей Алексеевич скрылся на частном авиа-борту в Испанию, чтоб урегулировать это вопрос дистанционно.

Сечин С.А. повсеместно ссылается на многочисленные связи в Администрации Президента РФ, указывая конкретные фамилии. Сечин С.А. для достижения своих целей иногда представляется племянником руководителя ПАО «НК «Роснефть» Сечина И.И., партнёром Игоря Ротенберга. Компании Сечина, в том числе «СТР», крупные подрядчики РЖД, Московского метро, ГУП ТЭК, «Газпром Теплоэнерго». Компании Сечина получают десятки миллиардов рублей и постоянно попадают в уголовные дела. Но Сечин всегда умудряется выходить из них.  

Так, в отношении главного инженера подконтрольной Сечину С.А. компании (мажоритарный участник) ООО «СТР» Косолапова Д.Л. в 2019 году было возбуждено уголовное дело № 11802009711000016 по факту дачи взяток сотрудникам ОАО «РЖД», расследовалось Управлением СК РФ на транспорте по СЗФО, в настоящее время по ст., ст. 291УК РФ( дача взятки),159 УК РФ (мошенничество) передано в районный суд в Псковской области. Фактически денежные средства передавались по указанию Сечина С.А. в качестве «откатов».
 
Из всех бизнесов в настоящий момент  Сечину С.А. приносит большой доход по текущему обслуживанию и уборке объектов инфраструктуры ОАО «РЖД» ведут компании, находящиеся под его операционным руководством (ООО «СТР Ремсервис», ОГРН 1093850015610) и ООО «СТР ЖД», ОГРН 1127746440117).
Две указанные компании генерируют приблизительно 40 млн. прибыли в месяц, что явно недостаточно для покрытия текущих расходов Сечина С.А. на личное содержание и содержание своих доверенных сотрудников (не менее 50 млн в месяц), долгов перед налоговыми органами (в отношении Гоноченко А.В. ведется уголовное расследование с суммой основного долга 54 млн. рублей, в отношении ООО «СЗСК СПб» и ООО «Академия клининг профи» ведутся выездные налоговые проверки в связи с использованием агрессивной налоговой оптимизации). В отношения ООО «Академия клининг профи» проводилась оперативная проверка отмывании денежных средств РЖД в УЭБиПК МВД по г. Санкт-Петербургу и Ленинградской области. Но сославшись на партнерство с Игорем Ротенбергом это материал проверки прикрыли. Сумма 100-300 млн.  неуплаты НДС.
 
УЭБиПК ГУ МВД России по г. Санкт-Петербургу и Ленинградской области проводились проверки в отношении ООО «СОМР» по факту возможных хищений денежных средств по 2-м контрактам при строительстве котельных для АО «Газпром Теплоэнерго» в г. Тихвин (схема: завышение цены контракта, фактическое исполнение контракта в меньшем объеме, денежные средства после получения от АО «Газпром Теплоэнерго» в короткое время обналичивались на втором уровне через физических лиц). Данный вопрос Сечин так же решил.