8 августа 2000 года в подземном переходе под Пушкинской площадью произошел мощный взрыв. Погибли 13 человек, 61 человек был ранен. Преступление было совершено в тот момент, когда структуры Якубова один за другим захватывали объекты недвижимости на Тверской улице. А подконтрольная ему фирма «Террабилдингинжиниринг» проявляла пристальный интерес к объектам на Пушкинской. Через год по подозрению в организации этого преступления был задержан хороший знакомый Якубова Барегам Агванович Петросян. При обыске его фирмы «Старград» был обнаружен телефон, которым пользовался Петросян. Незадолго до преступления соединения с него совершались с телефоном, которым пользовался Якубов. 
1 июня 2001 года в своей квартире в Юрловском переулке был обнаружен труп одного из сотрудников комитету по культуре правительства Москвы, руководителя Московской дирекции театрально-концертных и спортивно-зрелищных касс 64-летней Светланы Дудник. Женщина была связана, ее долго пытали, а потом забили до смерти. В ходе расследования выяснилось, что Дудник была знакома с Якубовым, который в это время уже тесно сотрудничал с чиновниками из Мосправительства. В записях жертвы был отмечен странный пункт: незадолго до гибели Дудник встречалась с Якубовым, причем в таком необычном месте, как переход к московскому университету. 
В июле 2002 года в квартире на улице Антонова-Овсеенко был обнаружен труп 19-летней элитной проститутки гражданки Украины Елены Викторовны Кушнирчук. Девушка скончалась от ножевого ранения. При осмотре записей путаны, было обнаружено, что ее постоянным клиентом являлся Яков Михайлович и указан номер телефона, которым пользовался Якубов. Впрочем, допросить его не успели. Вскоре за совершение этого преступления был задержан еще один участник общины горских евреев Рафаэль Монирович Ромашкин. В ходе расследования выяснилось, что летом 2002 года он в квартире в Елизаветинском переулке расправился с другой элитной проституткой - Юлией Владимировной Ходыревой. Причем ее клиентом так же был Яков Михайлович. Зачем Ромашкин убивал путан, обслуживавших Якубова, так и осталось не ясным. В материалах дела говорилось, что оба преступления совершены «в ходе внезапно возникших» ссор.