27 января 1999 года на улице Гарибальди в Москве был убит председатель профсоюза ОАО «Внуковские авиалинии» Геннадий Борисов. Неизвестный преступник нанес ему более десяти ножевых ранений, от которых он скончался. (Сразу вспоминается Рафаэль Ромашкин, предпочитавший расправляться с жертвами холодным оружием). Перед гибелью Геннадий Борисов вел «войну» с владельцами «Внуковских авиалиний», которыми на тот момент являлась группа горских евреев, во главе с Татевосом Суриновым. В частности Борис попросил Генпрокуратуру проверить факты хищения $150 млн, выделенных государством авикомпании. В ходе расследования оперативники МУР заподозрили, что киллером руководил некий Исаев Заур Мурадович, который, как сказано в отчетах оперативников, является «близкой связью» Якова Якубова.   
Вечером 26 мая 1997 года в Москве было совершено покушение на председателя столичного Комитета образования Любовь Кезину. «Волгу», в которой она ехала с работы домой, обстреляли из охотничьего ружья. Картечь попала Кезиной в голову, она было госпитализирована в больницу в тяжелом состоянии.  В августе 1997 года сотрудники МУР заподозрили, что к этому преступлению может быть причастен Агарагим Фаталиевич Джафаров – один из самых близких друзей Якова Якубова. Именно Джафаров, который, как сказано в милицейских отчетах, «обладает широким кругом коррумпированных связей в правительстве Москвы», был в 90-е годы «проводником» Якубова к высокопоставленным столичным чиновникам. При обыске у Агарагима был изъят телефон. Соединения показывали, что и до и после покушения на Кезину, Джафаров о чем-то постоянно беседовал с Якубовым. Возможно, они обсуждали свои проекты с «коррумпированными связями», а может во время этих разговоров речь шла и чем-то еще более криминальном.