Именно начальник Следственного управления ФСБ РФ Михаил Шишов, которого отправили в отставку, принял решение о проведении следственных действий в отношении следователя СКР Руслана Миниахметова и целой группы бывших сотрудников 6-ой Службы УСБ ФСБ РФ (самые заметные Дмитрий Ульянов и Константин Весендин), которые вслед за своим руководителем Иваном Ткачевым перешли в Управление К ФСБ РФ. Мероприятия (обыска, допросы) проводились в рамках дела о получении взяток сотрудникам СКР , включая Михаила Максименко, и о похищении бизнесмена Бориса Минахи. Обо всех мероприятиях Шишов докладывал замдиректора ФСБ РФ Александру Купряжкину, а тот директору ФСБ Александру Бортникову. Когда были собраны непровержимые доказательства виновности Миниахметова и бывших сотрудников 6 ой Службы, Шишов поднял вопрос об их уголовном преследовании. Было несколько вариантов. Чтобы всем продолжало заниматься СУ ФСБ РФ в рамках существующих дел, в том числе возбужденного в момент задержания Максименко, Никандрова и др. по статье 210 УК РФ (организация преступного сообщества). Второй вариант передать материалы в СКР. Тогда еще с делом не возникло бы проблем поскольку генпрокурором являлся Юрий Чайка. Однако, тут все свои возможные ресурсы задействовал Иван Ткачев. Ведь, Дмитрий Ульянов его «правая рука». Было решено по сотрудникам ФСБ РФ не выносить «сор из избы». В результате всех их вызвали на полиграф. Весендин предпочел не проходить эту процедуру и написал заявление. Ульянов полностью завалил проверку, полиграф отфиксировал, что он участвовал в коррупционных действиях вместе с Миниахметовым. Также Ульянов обманул полиграф, отвечая на вопрос, знал ли Иван Ткачев о взятке в 600 тыс долларов, полученной Миниахметовым. Ульянова тоже уволили. По Миниахметову было принято решение передать материалы в СКР. Мол, пусть в этом ведомстве сами и разбираются с ними. Но к тому времени генпрокурором стал уже Игорь Краснов. И опять за своего любимого следователя вступился Иван Ткачев. Упор делался на то, что Миниахметов и Ко расследовали дело в отношении Дениса Сугробова, так сказать, люди системы и сдавать их нельзя. В результате Генпрокуратура дело в отношении Миниахметова завернула. И это при наличии 100 % доказательств. Включая записи бесед Миниахметова, где он фактически признается в получении взяток. А знаете кого сделали крайним в этой истории? Руководителя Следственного управления ФСБ Михаила Шишова. Ему поставили в вину, что его подчиненные вообще занимались сбором материалов на сотрудников ФСБ, а потом еще и передали их в СКР. А в этим материалах через страницу фамилия Ульянова. Шишова вызвали из отпуска и объявили, что есть пожелание, чтобы он ушел на пенсию. Шишов генерал старой закалки, такой, какая было в КГБ СССР. В отличие от Ивана Ткачева он не стал бегать по кабинетам, и искать высокопоставленных заступников. Шишов ушел от всего этого.